V prípade pokročilej žilovej trombózy samotné diétne opatrenia nestačia. Na rad prichádza farmakoterapia so zameraním na zníženie zrážanlivosti krvi. Enzymoterapia predstavuje jednu z alternatív použiteľnu samostatne alebo spoločne s antiagregačnou liečbou. Výhodou enzymoterapie je komplexné pôsobenie na viacero rizikových faktorov trombózy. Enzymoterapia znižuje zápal cievnej steny, zlepšuje tekutosť krvi, znižuje žrážanlivosť bez rizika krvácavostia navodzuje rozklad krvných zrazenín.
 
Ovplyvnenie zápalu žíl systémovou enzymoterapiou
 
Proteinázy – enzýmy štiepiace bielkoviny obsiahnuté v preparátoch systémovej enzymoterapie (SET) sú schopné zamedzovať vzniku krvných zrazenín a dokonca rozpúšťať už vzniknuté zrazeniny. Medzi najpoužívanejšie proteinázy v enzymoterapii patria trypsín, bromelaín, papaín. Dostupné sú v napríklad v enzymatických prípravkoch PHLOGENZYM a WOBENZYM.

Z hľadiska účinku proteináz je dôležité zvýšenie vylučovania prozápalových látok – cytokínov vplyvom ich štiepenia. Zníženim koncentrácie cytokínov proteinázy zabraňujú nadmernej a hlavne dlhodobej aktivácii buniek, pretože pokles množstva cirkulujúcich cytokínov obmedzuje v mnohých prípadoch aktivitu adhéznych molekúl na bunkách. Proteinázy sú schopné regulovať adhezívne molekuly tiež priamo.

Proteinázy zvyšujú koncentráciu plazminogénu v krvi (Kleine, van Schaik, 1988), znižujú tvorbu fibrínu a rozpúšťajú už vzniknuté tromby (Guggenbichler, 1988). Dochádza aj k zníženiu agregácie doštičiek (bromelaín napr. znižuje koncentráciu tromboxánu a blokuje agregáciu doštičiek); to pomáha udržať priechodnosť, mikrocirkuláciu. Dôležité je, že popísané ovplyvnenie hemokoagulácie nevedie k príznakom krvácavosti ako pri iných látkach – warfarín, sulodexid, heparíny. V klinických pokusoch sa ukázalo že u pacientov, ktorí užívali kombinácie proteináz (Wobenzym), došlo k významnému zníženiu sérovej hladiny C-reaktívneho proteínu (CRP), fibrinogénu a α2-makroglobulínu.

Proteolytické enzýmy (predovšetkým papaín a bromelaín) tlmia vznik imunokomplexov (IK) a zvyšujú ich vylučovanie. Kunze (1996) v štúdiích in vitro zistil, že IK opracované proteinázami strácajú schopnosť viazať a aktivovať komplementovú kaskádu. Tým sa preruší bludný kruh novotvorby imunokomplexov.

Vo svetle najnovších poznatkov je zaujímavé tiež pôsobenie proteináz prostriedníctvom PAR (proteázami aktivovaných receptorov), ktoré sa evidentne podieľajú na regulácii priebehu zápalovej reakcie.

Väčšina vyššie popísaných mechanizmov účinkov proteináz sa podieľa na zvýšení proteolytickej aktivity séra – PAK, ktorá má významnú úlohu pri udržiavaní intravaskulárnej koagulačnej rovnováhy, ktorá pri zachovaní primeranej viskozity krvi bráni vzniku trombóz. Proteolytická aktivita pomáha udržiavať stále zloženie plazmatických proteínov, fyziologickú koncentráciu lipidov a cholesterolu, rovnováhu cytokínov a ich receptorov. Kontrolované štúdie dokázali pozitívny vplyv enzýmov na reologické vlastnosti (tekutosť) krvi. Existujú aj doklady o príznivom pôsobení na vývoj arteriosklerotických lézií.
 
Pôsobenie enzýmových prípravkov, hlavne rozpúšťanie už vzniknutých trombov je postupné a preto sa užívajú dlhodobejšie, dĺžka terapie sa pohybuje od 1 do 6 mesiacov. Kúry je vhodné periodicky opakovať. Preparáty sa užívajú zásadne nalačno aby sa docielila optimálna vstrebateľnosť enzýmov. Pri užívaní spolu s jedlom dochádza k väzbe na potravu a zníženiu účinnosti.